혜정님 안녕하세요.
혜정님과 직접 상담을 한 것이 아니라 자세히는 모르지만 몇가지만 짚어보겠습니다.

첫번째 1년간 어학연수를 했다면 일반적으로 다시 연수를 하려는 경우 동급(同級)의 일본어학교로 신청을 하지 않는게 상식입니다. 학교 선택이 잘못 되었습니다.

두번째 출석률입니다. 입관에서 요구하는 출석률은 알려진바에 의하면 최소한 75% 선은 유지해야 합니다. 그리고 일본어학교 측에서는 80% 이상을 요구하고 있습니다.

세번째 한국에 오셔서 병원진단서, 다른 증명서 등을 제출했다고 하지만 그보다는 일본어학교 재학 중 일본에서의 진단서인지요? 다른 증명서류는 의미없는 서류이고요.
참고적으로 혜정님은 이미 성인(일본유학을 가는 사람이라면)이라고 판단하기 때문에 학업과 개인적인 집안의 일을 결부시키기에는 무리가 있습니다.
건강 상의 문제라면 모르지만요. 건강 상의 문제일지라도 당시 재학하였던 일본어학교에 정확히 알릴 의무가 있었고요 그리고 당연히 일본에서 병원에 다닌 기록들이 있었어야 하고요.

네번째 혜정님의 비자가 안나온 이유는 신청한 학교 측의 문제라기 보다는 혜정님의 문제(출석률이 몇%인지는 모르지만)가 더 큰 이유라고 판단됩니다.
그리고 비자 발급율이 안좋은 학교도 한 몫을 했을거고요. 학교 신청은 개인적으로 하셨나요? 아님 유학원에 의뢰하셨나요?
도꼬모라면 이미 그러한 학교들은 다 파악하고 있기 때문에 처음부터 접근방법을 달리 했었을텐데 안타깝네요.

다섯번째 간과하고 지나갔을지 모르지만 이미 1년을 그것도 불과 수개월 전에 일본에서 어학연수를 하고 들어왔다면 "취학이유서" 작성에 신중을 기해야 합니다.
말씀하신 것처럼 취직을 할려고 했더니 1급? 이건 입관 측의 입장에서는 이해가 안되는 부분입니다. 그럼 왜 1년간 있으면서 1급을 취득하지 못했냐고 할거니깐요. 그리고 1년 어학연수했으면 충분한 실력을 지녔다고 보는게 입관의 입장입니다.
 

결론을 말씀드리면 전문학교 일본어과든 대학 유학생별과를 신청하든 "출석률"은 반드시 들어갑니다. 전문학교로 다시 신청을 한다고 해도 어렵다고 봅니다.
이미 10월학기에 한 설명에 부가해서 또 다른 변명을 해야하기 때문에 결코 쉽지않을 겁니다. 더 상세한 상담이 필요할 것 같습니다.